Lembaga Penjaminan Mutu UHAMKA menjadi Lembaga pengendali untuk menjamin terwujudnya UHAMKA menjadi Prophetic Teaching University. Lembaga Penjaminan Mutu mempunyai tugas merencanakan, menerapkan, mengandalikan, mengoordinasikan, dan mengembangkan sistem penjaminan mutu akademik meliputi: akreditasi, pengkajian dan pengembangan dokumen mutu; monitoring evaluasi dan audit mutu; dan bertanggung jawab atas peningkatan mutu secara berencana dan berkelanjutan